Tawara ailesi, geçmişi ve geleceği arasında bir seçim yapmak zorundadır. Bir zamanlar karanlık gölgeler arasında hayalet gibi dolaşan bu efsanevi ninja ailesi, şimdi sakin bir yaşam sürmektedir. Fakat bir yolcu gemisinde yaşanan toplu zehirlenme vakası ve gizli örgüt Nina Yönetim Bürosu’nun karanlık yüzü Majin Hamasshi’nin ortaya çıkışı, her şeyi değiştirebilecek bir potansiyele sahiptir.
Souichi Tawara, ailenin güvenliğini korumak için eski günlerine geri dönmek istemez. Fakat dergi muhabiri Karen Ito’nun araştırmacı gazeteciliği ve ülkeye yönelik büyük tehdit, aileyi yeniden harekete geçirmeye zorlayabilir.
Tawara ailesi, geçmişi ve geleceği dengelemek arasında sıkışıp kalmıştır. Hangi yolu seçerlerse seçsinler, karşılarındaki gerçek tehlikeyi çözmek zorundalardır. Bu seçim, sadece ailelerinin değil, ülkenin kaderini de belirleyecektir.