Kobo’nun ihanetine uğrayarak kendi ırkından büyük kayıplar yaşayan Sezar, ilk filmin etkileriyle insanlığın affetmeye niyetli olmadığını kavrar ve savaşa hazırlıklı olur. Üç yıl sonrasındaki devam filminde, “Maymunlar Cehennemi: Savaş,” Sezar’ın liderliğindeki maymunlar, önceki olayların ardından zorlu bir savaşın içine sürüklenir. Sezar, savaşı istemese de, barışı savunmaya çalışsa da, insanlık adına savaşan acımasız Albay, maymunları yok etmek için her yolu dener. Fakat Sezar, Albay’ın zorbalığına boyun eğmeye niyetli değildir. İki taraf arasındaki çatışma gittikçe tırmanırken, Sezar’ın liderliğindeki maymunlar, hem hayatta kalma mücadelesi verirler hem de özgürlükleri için savaşırlar. Albay’ın zalimce taktikleri ve Sezar’ın direnişi arasındaki bu çatışma, her iki ırkın kaderini belirleyecek büyük bir yüzleşmeye dönüşür. Şimdi, maymunlar ve insanlar arasındaki bu çekişmenin sonunda hangi tarafın kazanacağı, iki ırkın geleceğini belirleyecektir.